מחקר גדול מראה קשר בין נטילת פלוקונאזול בשליש הראשון להיריון ובין מומים מולדים.
מחקרים בבעלי חיים מצאו כי פלוקונאזול הוא טרטוגני. יתר על כן, מספר דיווחים אף הציעו כי קיים סיכון עודף למומים במבנה הגולגולת והפנים (למשל, חך שסוע) ומומים בלב ובכלי הדם (למשל, tetralogy of Fallot) בקרב תינוקות שנולדו לנשים שקיבלו פלוקונאזול בשליש הראשון להיריון. כדי להעריך את הסיכון העשוי להיות כרוך בטיפול בפלוקונאזול הניתן לקנדידיאזיס ווגינאלי, החוקרים בדקו נתונים מקבוצה של כ -2 מיליון נשים שטופלו בין השנים 2000-2014. קבוצת ההשוואה כללה נשים שקיבלו טיפול מקומי ב- azoles ונשים שלא נחשפו לפלוקונאזול.
בקרב 37,650 (1.9%) הנשים ההרות שקיבלו פלוקונאזול פומי בשליש הראשון ובהשוואה לנשים שלא קיבלו טיפול שכזה, הסיכון למומים בשרירים ובשלד בקרב התינוקות היה גבוה (52 לעומת 38 לכל 10,000; סיכון יחסי מותאם, 1.30), וזאת במיוחד במינונים גבוהים מ- 450 מ"ג .(aRR, 1.98)
עם זאת, לא הודגם סיכון מוגבר למומים בלב ובכלי הדם (aRR, 1.04) ולשסעים בפה .(aRR, 0.91)
