ה- CDC מזהיר כי זוהה זן של Neisseria meningitidis המייצר beta-lactamase ועמיד ל- ciprofloxacin ופניצילין. בין השנים 2013 ו- 2020 זיהתה הסוכנות 33 מקרי תחלואה שנגרמו על ידי זנים בעלי הגן לעמידות לפניצילין. 11 מהמקרים הללו אשר דווחו ב- 2019-2020 היו עמידים אף ל- ciprofloxacin.
הסוכנות ממליצה על ביצוע בדיקות לעמידות מקרוביאלית לכל הזנים המנינגוקוקליים על מנת לבחון האם הם רגישים לפניצילין טרם החלפת הטיפול לפניצילין או אמפיצילין. במדינות בהן נמצאו פתוגנים עמידים ל-ciprofloxacin במהלך השנתיים האחרונות, יש לשקול ביצוע בדיקות רגישות טרם מתן טיפול פרופילקטי. אף על פי כן, אין על הבדיקות הללו לעכב את תחילת הטיפול הפרופילקטי ב- ciprofloxacin, rifampin, או ceftriaxone.
