על כלל הילדים להתחסן נגד שפעת עונתית השנה, באופן אידיאלי עד סוף חודש אוקטובר, כך על פי המלצותיה של האקדמיה האמריקאית לרפואת ילדים.
ילדים הצריכים לקבל שתי מנות חיסון, לדוגמא ילדים מגיל שישה חודשים עד שמונה שנים, שמעולם לא חוסנו נגד שפעת, צריכים לקבל את מנת החיסון הראשונה מוקדם ככל האפשר, על מנת לאפשר הפרש של ארבעה שבועות לפחות בין מנת החיסון הראשונה והשנייה.
החיסון החי המוחלש הניתן באמצעות ספריי לאף שוב מהווה אפשרות לחסון ילדים מגיל שנתיים ומעלה.