בקרב ילדים בגילאים 5-11 תופעות הלוואי היו נדירות וקלות, ודלקת בשריר הלב הייתה פחות נפוצה בהשוואה למתבגרים מחוסנים.
לאחר אישור החיסון לאוכלוסייה זו באוקטובר 2021 ניתחו החוקרים שלוש מערכות מרכזיות לניטור תופעות לוואי.
המערכת הראשונה (דיווח עצמאי בטלפון חכם): בקרב כ-50 אלף ילדים תופעות הלוואי הנפוצות ביותר היו תגובות באתר הזריקה.
המערכת השנייה (דיווח עצמאי ל-FDA ול-CDC): כללה כ-7400 דיווחים לא חמורים, כאשר הדיווח המרכזי כלל טעויות במתן החיסון.
המערכת השלישית (מעקב אחר רשומות רפואיות): בקרב כ-890 אלף ילדים, תופעות לוואי חמורות במהלך 21 הימים שלאחר החיסון, כללו 7 מקרים פוטנציאליים של דלקת בשריר הלב ו-5 מקרים פוטנציאליים של סינדרום דלקתי רב מערכתי בילדים.
