החיסון JYNNEOS, המומלץ לאנשים, שנחשפו או מצויים בסיכון גבוה לחשיפה לנגיף אבעבועות הקוף, הינו בטוח, ומרבית תופעות הלוואי שלו אינן חמורות. אלו ממצאיו של מחקר שפורסם על ידי המרכז האמריקאי לבקרת מחלות.
החוקרים מה-CDC ניטרו את בטיחות החיסון בקרב מחוסנים מכל הגילאים.
בין מאי ואוקטובר 2022 ניתנו כ-987 אלף מנות חיסון בארה"ב, והחוקרים מצאו כי תופעות הלוואי הנפוצות ביותר שדווחו היו לא חמורות, וכללו תגובות באתר הזריקה, ממצאים התואמים את אלו של המחקרים הפרה קליניים.
שיעור תופעות הלוואי היה דומה לאחר מתן חיסון אינטרה דרמלי ומלעורי.
בקרב מבוגרים תופעות לוואי חמורות היו נדירות, ואף תופעת לוואי לא תועדה בקרב מחוסנים מתחת לגיל 18 שנים.