ליפשיץ, שהחליף בתפקיד את מיכל עבאדי בויאנג'ו, היום החשבת הכללית במשרד האוצר, נחשב לרגולטור קשוח על קופות החולים. הוא היה מעורב בתקופת כהונתו בכל הרפורמות והמהלכים המרכזיים של משרד הבריאות, ובהם המהלך להפחתת ההשתתפויות העצמיות, הכנסת טיפולי השיניים לסל, הרפורמה והחלפת ההנהלה בקופת חולים מאוחדת לאחר דו"ח מבקר המדינה, הסדרת המבנה הניהולי בקופת חולים לאומית, שינוי נוסחת התקצוב של קופות החולים ועוד.
ליפשיץ גם היה חבר באינספור ועדות, וכיהן חמש שנים כחבר ועדת הסל. באחרונה כיהן כחבר בוועדה שחקרה את פרשת האלטרוקסין ומונה לחבר הוועדה שתבחן את הבעלות של קופות החולים על בתי החולים הפרטיים. בנוסף התמחה במהלך שנותיו במשרד בתחום התרופות והיה מעורב ברפורמות בתחום זה כמו תנאי ייצור נאותים, מכירת תרופות ללא מרשם מחוץ לבתי מרקחת.
לדברי ליפשיץ, "אחרי 15 שנים במשרד הבריאות בחזית העשייה הגיע הזמן להתקדם לתחומים חדשים ולפנות את המקום לבאים אחרי". עם זאת, לדבריו עדיין לא ידוע לו לאן יפנה בהמשך דרכו. ממשרד הבריאות נמסר כי "סגן שר הבריאות הרב יעקב ליצמן, פרופ' רוני גמזו והנהלת המשרד מודים לעו"ד יואל ליפשיץ על תרומתו המשמעותית לקידום הרפואה הציבורית ולחיזוק הרגולציה במערכת הבריאות".
