ה- American Gastroenterological Association (AGA) מסרבת להמליץ על פרוביוטיקה עבור מרבית המצבים במערכת העיכול, כך על פי קוים מנחים חדשים שפורסמו בכתב העת Gastroenterology.
ובאופו ספציפי, הקבוצה ממליצה על פרוביוטיקה רק במסגרתם של מחקרים קליניים העוסקים במצבים הבאים: זיהום ב-Clostridioides difficile, מחלת קרוהן, ulcerative colitis, ו- irritable bowel syndrome.
על מנת למנוע (ולא לטפל) בזיהומים של C. difficile בחולים המטופלים באנטיביוטיקה, ה- AGA ממליצה על השימוש במספר זנים פרוביוטיים (לדוגמא Saccharomyces boulardii, Lactobacillus acidophilus CL1285 ו- L. casei LBC80R). זאת בהתבסס על ראיות באיכות נמוכה. אף על פי כן, הקבוצה מציינת כי מטופלים המוטרדים בנוגע לתופעות הלוואי או העלויות “יכולים להימנע מלבחור בשימוש בפרוביוטיקה”.
