בטווח הארוך, המיקרוביום ברוק כמעט ולא הופרע על ידי הטיפול האנטיביוטי, בעוד שמגוון החיידקים בדגימות הצואה פחת למשך עד 4 חודשים בנבדקים שטופלו ב- clindamycin ולמשך עד 12 חודשים בנבדקים שטופלו ב- ciprofloxacin. באופן ספציפי, פחתה באופן מובהק כמות החיידקים המייצרים את חומצת השומן קצרת השרשרת butyrate, הקשורה לפחות דלקת, התמרה סרטנית ומתח חמצוני במעי.
יתר על כן, בדיקות גנטיות מצאו שיעור גבוה יותר של גנים הקשורים לעמידות לאנטיביוטיקה בדגימות הצואה.