השתלת צואה מהווה טיפול פוטנציאלי למגוון מצבים, ובהם מחלות מעי דלקתיות, השמנה וסוכרת מסוג 2. למרות זאת מזהירים חוקרים משיקגו מפני שימוש נרחב בטכניקה, וזאת לאור השלכות בריאותיות ממושכות לא רצויות.
השתלת צואה מערבת העברת חיידקים בצואה מבריא לחולה, בניסיון לשקם את המאזן הבריא של חיידקי המעיים. היות שהצואה מכילה חיידקים אנאירוביים מהמעי הגס, השתלת צואה עשויה לגרום לחוסר התאמה באקולוגיית המעי, כאשר החיידקים הללו מאכלסים את המעי הדק ואזורים אחרים של מערכת העיכול.
ניסויים בעכברים ובדגימות רקמה אנושיות הראו כי חיידקים אנאירוביים מהמעי הגס מאכלסים לא רק את המעי הדק, לאחר השתלה בודדת, אלא נותרים שם גם למשך חודשים ארוכים. חיידקים אלו אף משנים את סביבתם החדשה לתועלתם הם, שינויים העשויים להשפיע על המטבוליזם, ההתנהגות ומאזן האנרגיה של המטופל מקבל ההשתלה.
