סקירה מדעית בכתב העת Metabolites בחנה כיצד שיטות הכנת קפה עשויות להשפיע על הרכיבים שמגיעים למערכת העיכול ועל האינטראקציה שלהם עם המיקרוביום.
קפאין נספג במהירות במערכת העיכול העליונה, אך רכיבים אחרים, בהם חומצות כלורוגניות (CGAs), פוליסכרידים ופוליפנולים, יכולים להגיע למעי הגס, שם חיידקי המעי מפרקים אותם ויוצרים מטבוליטים, וביניהם חומצות שומן קצרות־שרשרת (SCFAs) וחומצות פנוליות בעלות משקל מולקולרי נמוך.
הקלייה משנה את מבנה הפוליסכרידים, ויוצרת מלנואידינים, שחלקם עמידים לעיכול ומגיעים למעי הגס. לכן, אופן ההכנה — כולל סינון, קלייה, ומינון הקפאין — עשויים להשפיע על החשיפה של המעי לרכיבים שונים.
עם זאת, מדובר בסקירה של הראיות הקיימות, ולא הוכחה לכך ששיטת הכנה מסוימת משפרת את בריאות המעי.

